يُعتبر المسجد تحفة فنية تُرسم في أذهان زائريه من السائحِين والأجانب ، بروعةِ الهندسة المعمارية الإسلامية التي استوحتْ شكل المسجد الأزرق في (اسطنبول) ؛ من حيث بناؤه الخارجي والجمال التشكيلي المبهر في الداخل، حيث يمتزج الفن الأندلسي مع الفنِّ التركي والفنِّ المغربي؛ في إبراز النقوش على الجدران بألوانها الزاهية، بالإضافة إلى الخطوط العربية المستخدمة في نقش الآيات القرآنية ولفظ الجلالة وبعض أسماء الله الحسنى.
لمسجد الفاروق 4 مآذن استوحت مدرستها المعمارية من المدرسة العثمانية في بناء المآذن مخروطية النهايات كالقلم الرصاص، وقد بنيت هذه المآذن من الخرسانة المسلحة ويبلغ ارتفاع المأذنة الواحدة 55 متراً عن سطح الأرض ويبلغ ارتفاع قممها المخروطية 8 أمتار، وقد تم كسوتها بألواح الخرسانة الديكورية المقواة بالألياف الزجاجية وطليت بلون القباب. اما الجزء الأسطواني فقد تمت كسوته بنفس المادة ولكن بلون أبيض وبشكل محزز ويتوسط هذا الجزء شرفتان مزخرفتان بالمقرنسات الإسلامية التقليدية.
ويتميز المسجد بقِبابه التي يصل عددها إلى 21 قبة، مستوحاة من مسجد السلطان أحمد المسمى بالمسجد الأزرق في (اسطنبول)، حيث إنَّ القُبة الرئيسة محاطة بأربع قِباب نصفية، ويبلغ قُطرُ الدائرة فيها 29 متراً، وزُيِّن سقف المسجد بآياتٍ قرآنية ورسومٍ ونقوشٍ إسلامية رائعة، نفَّذها فريق عمل قوامه 60 حرفياً مغربياً من مدينة (فاس) من المملكة المغربية، هذا إلى جانب زجاج النوافذ الذي يشكل لوحات إبداعية في فن تلوين الزجاج الذي يغلب عليه اللون الأزرق، واستغرق تصميمُ المسجد شهرين، وتنفيذُه عشرةَ أشهر.
ولعل مجموعة الثُّريَّا التي تتدلَى من سقف المسجد وسط القِباب التي يعلو بعضُها إلى نحو 30 متراً تزيد المنظرَ جمالاً وخشوعاً، إلى جانب عشرات الفوانيس النُّحاسيةِ المستوحاةِ من البيئة التُّراثية لدولة الإمارات العربية المتحدة، وفُرِشَ المسجدُ بسجاد تم تصنيعُه خصيصاً في ألمانيا.
قاعة الصلاة والتي تبلغ مساحتها 1500 متراً مربع لها قدرة إستيعابية تبلغ 1800 مصل في وقت واحد وهي مربعة الشكل، وجاءت خالية من الاعمدة بإستثناء 4 فقط حملت سقف القبة كي تنفتح القاعة على فضاء رحب يشعر المصلي بسمو المكان وإنفتاحه.